中华农企发展协会副秘书长林裕纮星期三（6月28日）在政论节目《关键时刻》指出，北农这些年经常引发轩然大波的主因，是已建成40多年的北农市场改建案，预算从20多年前的140亿元（新台币，下同，6.2亿新元）不断增加到160亿元，比市场合理行情的80亿元多出一倍。
北农运作采总经理制，韩国瑜担任总经理时做得有声有色。但农委会逼时任台北市长的柯文哲辞退韩，韩2018年反而当选高雄市长，民进党政府被讥为“抢了菜摊，丢了江山”。
北农是台湾北部最大的市场，掌握全台主要的蔬果批发通路。台北市政府过去通常会和农委会协调，分别派任董事长和总经理。因北农涉及的人事与商机庞大，近年来每次高层改选都是一场政治角力。
农委会新闻稿并提及尊重杨镇浯出任董事长，但吴芳铭去年曾酒驾自撞，对北农象有不良影响，故不赞同聘任案。吴芳铭回应说，日后再犯，直接下台，没有二话。
台北市政府后来与农委会协调，同意农委会可取得七席常董中的三席。星期五北农重新开会改选，杨镇浯和吴芳铭顺利出任北农董事长和总经理，农委会彻底失去北农主导权。
今年改选，农委会希望北农总经理翁震忻续任，台北市政府和台湾农会各有五席和四席董事，过去支持农委会的五席民股不满翁震忻领导风格，这次倒向台北市政府。农委会眼见在23席董事中仅握有七席，加上青果社的两席，无法与台北市政府抗衡，星期一（6月26日）改选时以退席技术杯葛。
台北农产运销公司（北农）星期五（6月30日）改选高层人事，台北市政府和台湾农会属意的金门前县长杨镇浯，顺利出任北农董事长；曾在高雄前市长韩国瑜任内担任农业局长的吴芳铭出任总经理，行政院农业委员会失去北农主导权。
农委会主委陈吉仲会后受访表示，尊重董事会结果，期待农产品市场朝专业经营。但农委会稍后发布新闻稿，指责台北市政府不顾北农惯例，曾欲包揽全数七席常董，农委会及青果运销合作社星期五顺利取得三席常务董事；并提及吴芳铭曾酒驾自撞，对北农象有不良影响，不赞同聘任案。
韩国瑜在脸书反击说，高官随意批判的一席话，不仅扼杀农民辛劳，更无视北农基层同仁多年来兢兢业业的付出，用政治斗争轻易摧毁北农辛苦建立的信誉，实在令人无法忍受。
未料，农委会事后在新闻稿指责台北市政府星期一不顾北农惯例，欲包揽全数七席常董，故农委会与青果社才退席抗议。文中称，农委会与青果社于星期五会中仍主张应有三席常董，台北市政府一反先前态度，农委会与青果社顺利取得三席常董。
陈吉仲心有不甘，批评韩国瑜在北农总经理任内“菜土菜金”，让农民种菜像下赌一样难以预期。
