金门立委员陈玉珍当天便澄清，死者家属希望当面请教海巡人员事发经过，但海巡署婉拒。 她星期二（3月12日）在立法院会总质询时，向行政院长陈建仁表示，陆方绝对没有提出上述要求。 陈建仁反问，谈判是机密，陈玉珍居然知道内容。 陈玉珍强调，此时不宜再给两岸局势添柴火。
台湾政府海洋委员会主任委员管碧玲星期三针对金门翻船事件表示，无论海巡署在处理此事过程中有无过失，因没有搜证录影带，让此事无法迅速解决 ，未昭公信，也让家属备受煎熬，她再度表达歉意。
在野的国民党立委牛煦庭星期三在内政委员会再次质询管碧玲，王定宇为何会知晓两岸谈判内容？ 管碧玲则含糊带过，称外界诸多描述“不尽精确”。
陈斌华强调，民进党当局只有正视问题、端正态度，拿出解决问题的诚意，才能重启协商。企图拖延时日蒙混过关，恐怕是打错了算盘。
台湾海巡署2月14日在金门驱离进入禁限制水域的大陆渔船，导致陆船翻覆，两人死亡。 事发已经一个月，海巡署2月底曾为此事没有搜证录影，导致家属、社会无法迅速了解案情公开表达歉意。
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管碧玲星期三再次为海巡署没有搜证录影带，造成调查缓慢、家属痛苦致歉，但未承认海巡人员“执法”有过失。
管碧玲星期三（3月13日）在立法院内政委员会说，他们仍在努力要与中国大陆协商，希望降低政治性，以人道优先，这也是彼此最有共识的部分，“但如果一定要跟真相绑在一起，就会拖”，而大陆方面期望一体解决。
两岸在协商过程中，执政的民进党立委王定宇曾透露，陆方要求海巡人员赴大陆接受讯问，质疑若接受此要求，台湾的主权还在吗？ 海巡署副署长许静芝当时在立法院证实，陆方曾提出过此要求，经沟通后未再提出。
陈玉珍并建议，此事可以采取1990年两岸红十字会模式解决，由民间对民间，大陆委员会主任委员邱太三说，这是可以选择的项目。
稍早前，中国国务院台湾事务办公室发言人陈斌华在例行记者会，指责台湾方面粗暴对待大陆渔民导致渔船翻覆、人员死伤。但事发至今，渔民家属连一句道歉都等不到，连一个真相 也得不到，台湾方面还在以所谓“调查程序”来拖延问题解决，以所谓“执法”来推诿卸责，是真正的“三无”：无情、无义、无理。
