海洋委员会主任委员管碧玲则表示，陆籍男子声称要“投奔自由”不足为信，初步调查，他曾在解放军海军担任过艇长。
台湾国防部长顾立雄表示，淡水河口在战时本来就是重点部署之一，平时则由国防部与海巡署协力合作。此次大陆快艇猝不及防闯淡水河口事件，国防部会与海巡再好好研议。
台湾行政院长卓荣泰星期二（6月11日）在立法院会前向媒体指出，包含国安等所有政府单位都很密切关注此事，已启动司法调查和相关单位的行政调查，“务必要很清楚厘清责任，甚至也要明确地做出处分”，并立即要求国安团队加强所有访护措施。
海巡署副署长谢庆钦下午随即举行记者会，并公布这艘快艇雷达航迹图，称该船9日上午9时44分，驶近淡水河口6海里处，就被沙仑雷达侦测到这艘快艇光点。但当时雷达上有57艘渔船光点，有关人员误以为台籍返航渔船；直至上午10时20分，八里守望哨通报称用目视望远镜看到，确定不是台籍渔船。
延伸阅读
中国大陆一名男子上星期天开快艇长驱直入台湾淡水河口，台湾政府星期二指出海巡人员处理过程出现误判，给予台湾海巡署北部分署署长等10人申诫或记过等处分。
顾立雄不排除近日无人机闯入金门及这次快艇闯淡水河口事件，是中国大陆利用灰色地带测试台湾底线的作法，必须维持警觉。但他不认为快艇事件构成台军第一击要件。
她坦承，海巡人员处理过程的确出现误判，“系统没有失灵，而是人出问题“。相关人员已自请处分，她也下令处分，必须要有所警惕。
海巡署统计，近10年查获大陆籍非法入境人士共计119人，今年迄今已驱离809艘大陆越界船舶。
海巡署指出，沙仑雷达操作员于淡水外海6浬即锁定该目标，将其误判为一般返港作业的台籍渔船，虽有通报淡水安全检查所人员，但未及时调派巡防艇前往拦截登检；八里安检所辨识该船为非台籍渔船后，也没在第一时间通报查缉，相关人员确有疏失，已依规定追究海巡署北部分署署长廖德圣，以及雷达操作员等10人的疏失责任，分别惩以申诫或记过。
阮姓大陆籍男子上星期天（6月9日）从福建宁德市驾驶快艇直接闯入台湾淡水河口，并与淡水交通船发生擦撞，台湾海巡署才派人逮捕。
宁德市到淡水河口直线约250公里。淡水河口不仅是台军“汉光”演习的模拟之地，沿着淡水河而下，更可达台湾总统府与国防部衡山指挥所，该事件凸显严重“国安”漏洞。
