当局表示，通道已经通过消防安全风险评估，按香港相关的建筑物条例及消防相关安全守则设计，并经由专门处理有关事宜的安全及保安统筹委员会审批，与香港其他铁路车站相同。
相关人员进入该通道作业时，必须经过“过境限制区”。需要许可证及获港铁授权下才能进入。其他人士不准使用该通道，而通往该通道的出入口，包括与西九龙站内的“内地口岸区”相关通道、门及升降机等均有保安设施上锁。港铁会严格控制及派员巡逻，禁止任何人士在未获授权下进入该通道。此外，该处亦设有闭路电视及警报系统等保安设施，并有明显标示警告，防止未获授权人士使用该通道。
广深港高铁西九龙站B5楼层具体用途引起争议，香港运输及房屋局昨晚解释，“B5层”是西九龙站一条后勤通道，既非乘客使用的区域，亦不属“内地口岸区”范围，只是位处于B4层之下，所以标示为“B5层”以方便识别。早在2016年季度报告提及过“B5层”正在施工，因此不存在任何隐瞒。
据《星岛日报》报道，运房局解释，该通道属于消防救援及逃生系统一部分，设有冷气系统、排水系统及排污系统等机房设施，并作救援及逃生之用。一般楼层的楼面面积约110000平方米，而该后勤通道的面积只有约3100平方米，只占一般楼层的楼面面积不足百分之三，由此可见这个后勤通道并非正式的楼层。运房局及路政署在2016年9月向立法会铁路事宜小组委员会提交的季度报告中，亦有提及“B5层”正在施工，因此不存在任何隐瞒。
