台湾陆委会回应时说，大陆依照一般防检疫的做法及惯例，事先透过海峡两岸农产品检疫检验合作协议平台通报台湾，再发布警示通报。
中国大陆去年以截获有害生物为由，先后暂停进口台湾的黄梨（大陆称菠萝，台湾称凤梨）、番荔枝（释迦）和莲雾，引起台湾不满。台湾农业委员会说，会就番荔枝和莲雾的出口问题向世界贸易组织要求解决争端。
被大陆暂停受理报关的其中一名养殖场业主戴兆钟声称，有人盗用他的资料。据《自由时报》报道，戴兆钟指一名尤姓报关人员，以及陪同戴兆钟去报关的邱姓出口商盗用资料。调查结果显示，这名出口商也一名鱼贩。
陆委会认为，大陆的通报方式，符合一般防检疫的做法及惯例，并说本案主管机关渔业署已就此事进行处理，并将由双方协议联系窗口续作联系及沟通。
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综合联合新闻网和中时新闻网报道，陆委会公布，在中国大陆海关总署去年12月30日发布关于加强台湾输大陆活鱼检验检疫的警示通报前，大陆海关总署已在去年12月27日透过平台通报台湾防检局，厦门海关从台湾输往大陆的活石斑鱼中检出禁用药及药检超标，请台湾暂停检出禁用药物的养殖场输出大陆，也请台湾展开调查及回复。
通报指厦门海关从台湾地输大陆活石斑鱼中检出禁用药隐性孔雀石绿和隐性结晶紫，为保障大陆消费者安全，发布加强台湾输大陆活鱼检验检疫的警示通报。
据新华社报道，大陆海关总署动植司、综合司、监管司在加强台湾地区输大陆活鱼检验检疫的警示通报中宣布，他们从去年12月30日起，暂停受理来自台湾的王志义养殖场和戴兆钟养殖场活鱼报关。
中国大陆以台湾石斑鱼被检出含禁药成分为由，暂停受理来自台湾两家养殖场的活鱼报关，意味着这些养殖场被禁止将活鱼出口到大陆。大陆官方也加强对其他台湾养殖企业输大陆活鱼的检验检疫。