陆委会强调，由于对岸的图谋，金厦大桥所衍生的巨大国安风险，和小三通完全是两回事，柯文哲指鹿为马，企图混淆视听，其心态可议。
因此，陆委会说明，小三通推动，着眼于边境人货进出的管理，提供人民及企业的便利，最优先考量的原则就是国安；相较之下，所谓金厦大桥，是中国大陆基于统战思维的单方面设想，目的是在模糊金门和厦门的界线，进而让金门融入厦门，成为中国大陆福建的一部分。
陆委会还说，推动两岸事务必须以国安为最高考量，当前亚太及两岸情势复杂敏感，为确保国安及整体利益，政府并无推动金厦通桥的政策及规划，请境内各界切勿随大陆当局设定的议题起舞，避免受到利用，并向境内外释放错误讯息。
第二，陆委会指出，从2000年到现在，区域局势及两岸关系已出现极大的改变，包括对台政策从相对缓和到恫吓、打压，“习五条”提出企图以一国两制台湾方案作为统一的框架，和军机舰绕台升级、打压台湾农渔产品输入等。
陆委会称，有关柯文哲近日主张兴建金厦大桥，并诬指是延续总统蔡英文在陆委会任内小三通主张一事，特地做出以下声明：
陆委会说，有关金门乡亲关心的民生议题，政府都十分重视，将持续努力与地方沟通，尽最大能力，优化相关建设，以促进金门经济发展及民生福祉。
延伸阅读
因此，陆委会认为，主张金厦融合发展，兴建金厦大桥，更是意图矮化台方，将金门纳入福建省的一环。这种种作为已严重威胁到国安，政治人物岂可无视当前两岸情势及问题，而刻意扭曲台湾政府政策，甚至附和对岸的主张。
第一，2000年台湾政府规划试办小三通，主要背景是将已存在于金门、马祖和中国大陆福建地区的非法小额贸易纳入管理，并予以法制化，同时作为后续推动两岸三通直航的试点。
台湾的大陆委员会批评，台北市长柯文哲有关兴建金厦大桥的主张无知荒谬，必须做出说明，以正视听。
据台湾《联合报》报道，也是民众党主席柯文哲上周六（18日）主张兴建金厦大桥，陆委会今天（21日）驳斥柯文哲的主张无知荒谬，需提出说明，以正社会视听。
