具体而言，退捕渔民就业安置有待巩固，基层执法力量不足，非法捕捞案件和隐患较多。禁渔的同时给部分外来入侵物种泛滥创造了条件。禁捕实施后，鱼类数量及种群结构发生了较大变化，部分水体小型、快速成熟的底层鱼类对底泥搅动和草食性鱼类啃食等因素综合作用破坏沉水植物，一些湖泊的水生植被面积处于消亡边界，也影响水质改善。
另外，长江干流的乌东德、白鹤滩、溪洛渡、向家坝、三峡、葛洲坝等大型水电站已经投产运行，上游水库群格局已经形成。长江干流的航运近十年发展迅速，干线港口货物吞吐量在2020年突破30亿吨，2021年达到35.3亿吨，2022年前三季度实现了同比增长0.8%。长江流域同时拥有长江三角洲城市群、长江中游城市群和成渝城市群，人口众多，城镇化发展迅速。
中国民主促进会中央委员会说，部分入侵物种泛滥、岸带开发严重，建议长江全面体检。
对此，民进中央建议，持续深化“十年禁渔”，同时建立长江流域“三水”统筹的水环境质量标准和监测网络。民进中央还认为，应该建立长江干流生境修复机制。借鉴密西西比河、莱茵河等跨行政区管理流域和生境修复的经验，组建国家长江干流生境修复管理机构，负责对长江干流生境修复的总体规划、建设实施和工作协调。
据澎湃新闻报道，中国民主促进会中央委员会发文说：“‘十年禁渔’面临新的阶段性问题、长江水生生物仍面临巨大的多重压力因子胁迫、长江丢失和破碎化的生境（指生物的个体、种群或群落生活地域的环境）状况尚未改善。”
中国民主促进会中央委员会指出，这些压力因子与工农业发展及其他人类活动相互作用，给长江水生生物的全面恢复带来了不确定性
