苏巧慧追问当初合约是否用“独立的台湾政府”去签约所以才会破局，薛瑞元则表示，当时台湾签约的代表是卫福部次长周志浩，署名是“台湾CDC”（台湾卫生福利部疾病管制署），BNT也没有意见。
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针对鸿海创办人郭台铭指控台湾政府阻挡冠病疫苗采购，台湾卫福部长薛瑞元星期三（5月10日）还原疫苗采购经过，反驳郭台铭的指控。薛瑞元还称，被挡的是台湾政府。
郭台铭办公室则指，“信件内容明确提到，民进党因坚持与BioNTech的协议对外公告时必须写‘独立的台湾政府’（Independent Government of Taiwan），由于代理商Fosun（上海复星制药）无法接受，交易被迫取消。合约取消是因为民进党政府坚持将政治置于人民生命之上。”
综合台湾三立新闻网、中央社和《上报》报道，有媒体星期二（9日）披露BNT大股东2021年6月寄给郭台铭的电邮，内容提到，郭台铭早在2021年6月16日就知道无法以私人名义购买疫苗，但郭台铭仍在2021年6月18日在脸书发文指控民进党阻挠购买疫苗。
不过，台湾卫福部疾管署星期三澄清，有关郭台铭办公室称“政府与德国BNT公司的采购合约遭取消是因我政府坚持名称所致”并非事实，政府绝无意识形态考量。
薛瑞元说，因为BNT只卖给政府，郭台铭才来求助，而政府看了郭台铭提供的资料后认为，BNT只是要政府出面承担保证，有继续谈下去的可能性，后续政府成立工作小组，与永龄、台积电等一起与BNT进行协商。
民进党立委苏巧慧质询时问及BNT采购一事，薛瑞元证实，公开的电邮是郭台铭提供给政府的原件，是要向政府求助，因为上面写得很明确，BNT当时在各国拿到的都是紧急使用授权（EUA），无法循一般药害救济管道处理，除非要政府出面担保负起责任，这就是只卖政府的主因。
另外，针对民进党政府被指阻挡疫苗，国民党立委郑丽文星期三到台北地检署告发台湾总统蔡英文、前行政院长苏贞昌、前卫福部长陈时中、外交部长吴钊燮涉嫌内乱、渎职、杀人罪。
