台湾外交部要求，日本官方尽快释放被扣查的台渔船和船员。
根据文告，依据政府护渔标准作业程序规定，台渔民在护渔范围内作业，遭外国公务船干扰时，政府将派舰护渔，并协助处理；倘若台渔民在护渔范围外作业，遭外国公务船取缔时，政府将不派舰护渔，但将适时提供必要的外交协助。
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“福洋266”渔船蔡姓船东证实，日本方免同意只要将上述罚款金额汇入福冈办事处帐户，该船和船员即可返台。他目前正准备汇款。
台外交部说，在获报后已于第一时间在台北透过外交管道向日方了解情形并表达关切，台驻日本代表处也已分别向日本水产厅及外务省表达关切，要求尽速释放人船。外交部将持续关注本案并提供台渔船必要的行政协助。
台外交部星期五（7月5日）在官网发文告指出，台湾渔船“福洋266”于当天凌晨在彭佳屿东北方288海里、台暂定执法线外1.5海里（2.77公里）遭日本公务船登检。据台驻日人员查报，“福洋266”渔船疑似进入日本奄美大岛附近海域作业，因违反当地渔业规范而遭日本水产厅公务船取缔。
另据台湾《联合报》报道，日本方面已同意只要台渔船船东缴付罚款600万6000日元（约5万新元），将释放两名台湾船员归还船只。
除了渔船被日本公务员人员登检外，船长、轮机长两台湾船员也被带上日本公务船接受调查，剩余六名印尼籍船员均滞留船上，另有一艘日本公务船围着台渔船监控。
上述事件在大陆扣押台湾渔船事件尚未告一段落之际发生。
