马国外交部2021年曾就中国飞机与船只进入马国领海和领空，两次传召中国驻马大使。第一次是马国空军2021年5月31日侦察到16架中国军机飞入马国在南中国海的领空，并指此事严重威胁马国国家主权。

中方则称中国空军只是在南沙南部海域进行例行训练，不针对任何国家，也没有进入他国领空。马国外交部6月3日召见中国驻马大使并递交外交照会，抗议中国军机入侵马国空域。

马国政府也指中国的海洋综合资源调查船大洋号及两艘中国海警船2021年9月26日侵入马国位于南中国海的专属经济区。马国外交部同年10月4月传召中国驻马大使抗议此事。

马国外交部表明，马国承诺持续配合并确保所有国家都能全面与有效执行《南中国海各方行为宣言》（DOC）。马国也承诺尽早完成《南中国海行为准则》（COC）的商定 。

马国声称拥有南沙群岛其中11个岛礁主权，这与中国声索主权的南中国海海域重叠。这些岛礁包括马国1979年派军占领的拉央拉央岛（也叫燕子岛、中国称弹丸礁）、距离砂拉越民都鲁54海里的詹姆斯浅滩（中国称曾母暗沙），以及砂拉越岸外的巴丁宜阿里浅滩（中国称南康暗沙）。

马来西亚外交部声明，中国自然资源部的“2023年版中国标准地图”（简称“中国标准地图”）涵盖马国在沙巴和砂拉越的海域，并以此声索南中国海海域。马国政府无法认可这种做法，相关地图也不具法律约束力。

马国外交部星期三（8月30日）发文告指出，“中国标准地图”单方面将马国1979年发布的“马国最新地图”里的沙巴和砂拉越水域纳为中国管辖的海域。但诚如马国政府对南中国海课题及海域边界的一贯主张，马国抗议任何国家对马国海域的主权或管辖权的声索。

马国外交部指出：“马国认为南中国海课题是复杂和敏感的课题，必须以和平及理智的方式，根据相关“1982年联合国海洋法公约”（UNCLOS）等国际法展开对话与谈判。”