不过，邱国正星期二（3月12日）在立法院院会前回应媒体相关提问时说，他和蔡明彦对台海情势的立论不同，术业有专攻，不是说谁打脸谁，并强调各部会之间的合作密切、协调也很顺畅。
他还称，国防部许多工作都与国安局有关联，平常都保持正常来往，且相对和谐。他也曾担任过国安局长，不会故意说“他讲的不对，我讲的对”，绝对没有这种心态。
蔡明彦星期一受询时称，目前没看到任何显示台海战事一触即发的情资，但邱国正3月7日曾评估，两岸目前已经是濒临战争的情况，并坦言每天提心吊胆，“我个人就很紧张，也睡不好”。
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综合台湾壹苹新闻网、太报和中央社报道，台湾国安局长蔡明彦星期一（3月11日）说，目前没有任何情资显示台海紧张局势持续升高，有立委质疑蔡明彦这一说法是在“打脸”邱国正对台海局势的悲观看法。
邱国正说，军人对敌情的判断很单纯，一定是料敌从宽，做最坏打算，“这不是悲观，军人思考就是这样”。
针对美国有线电视新闻网（CNN）节目主持人札卡利亚说，台海情势没有最危险，只有“更危险”，邱国正说，每位专家学者都有立论基础，但台军不能“你说风，我就是雨”，不会随之起舞。
针对外界质疑台湾国安局与国防部对台海情势的看法不一，台湾防长邱国正称，军人对情势的判断一向都是做最坏打算，与国安局绝不会有“他讲的不对，我讲的对”的心态。
邱国正称，各种论点对台军而言都是参考，但台军还是得观察台海情势的实际及后续状况，经过研判才能决定用多大兵力、部队，或是以什么做法面对，不能“他讲一句，我们就变一个”，否则还怎么建军。
