当巴布亚成为印尼的一部分后，巴布亚人只占巴布亚人口的51.5%，而外来移民（主要是爪哇人与苏拉威西人）则多达48.5%。
第三天（17日），有人号召印尼各地的巴布亚人举行示威，这点燃了巴布亚人的民族情绪。
印尼不可能让巴布亚独立
为了发展这个矿产丰富的地区，印尼也极力兴办教育，让巴布亚人掌握印尼语。巴布亚人有300多个部落，每个部落都有自己的语言，完全不能沟通，印尼语成为巴布亚人共同的语言：教育也让他们开始了解到各部落都有共同的经历与愿望，他们认为自己是一个国族（民族），要争取“民族自决”权，可是被印尼中央政府否决。
在苏哈多掌权的年代里，经济发展政策吸引了外资在巴布亚大量地开采各种矿产，也改变了巴布亚的传统社会结构。经济发展使一部分人富有，尤其是军人以及外省人获得更大的好处，而巴布亚的民众却享受不到这个果实。
游行示威演变成为动乱，触动了印尼政府的敏感神经，他们感到印尼的国家统一与领土完整受到了威胁。印尼的军队与警察尤其紧张，即刻使用武力解决争端。
东爪哇女省长克菲法在事发后，马上打电话给铎明古斯致歉，并谴责肇事者。印尼总统佐科也发表谈话，表示深深了解巴布亚人所受的伤痛，但是他希望双方相互谅解。言外之意是，同是一个民族，族群间应该和平相处。
但佐科没有马上对付肇事的民众以及警员，令铎名古斯感到不满。接着，安全统筹部长维兰多宣称“要全面地、公正地调查东爪哇的事件”，惩罚肇事者，并表示要与巴布亚领导人对话，以快速平息骚乱。但是，骚乱并没有终止。
在这起事件中，43名巴布亚学生被带回警署问话。他们矢口否认扔印尼国旗，还表示不知宿舍前挂有国旗。但是有人将群众以及警员殴打和辱骂巴布亚学生的过程，拍摄成视频，转发给社交媒体，而社媒则散播假消息，说有巴布亚学生被打死。据官方报道，发布这个假消息的是一名叫维罗妮卡的人权律师。警方不久后向她发出通缉令。
巴布亚学生指控印尼政府没有履行全民投票的原则，要求“民族自决”。这次的示威，并没有获得警方的准证。示威队伍抵达玛琅市长政厅，遭到敌对集团阻止，结果发生了冲突，但没有引发骚乱。
当苏哈多倒台时，巴布亚人也曾游行示威，要求民族自决。接任苏哈多的哈比比总统口头答应把巴布亚规划成“特殊自治区”，但是并没有实现诺言。瓦希德当总统时，对于少数民族给予很大的同情，并同意让巴布亚人自治，保有自己的文化，也准许巴布亚的“晨星旗”在当地当作巴布亚地方的旗帜使用。不过，巴布亚的国旗仍然是印尼的红白旗。换句话说，巴布亚依旧是印尼的一个省。
可是，许多巴布亚分离主义者认为，将巴布亚归入印尼是一种“内部殖民”，巴布亚沦为印尼的“殖民地”。他们继续要求独立。1965年，巴布亚分离主义者成立了“巴布亚独立组织”（OPM），并且建立自己的军队，开始用武力对抗印尼政府。后来，许多支持巴布亚独立的组织也纷纷出现，可是都没有给中央重大的威胁。
领导这次运动的除了上述巴布亚大学生联合会外，还有2008年才成立的西巴布亚全国委员会（KNPB）。这两个组织，与流亡英国的“西巴布亚联合解放运动”领袖本尼温达（Benny Wenda）合作，在印尼外省煽动学生游行示威，并且呼吁所有巴布亚人不参加印尼的国庆活动。据说在巴布亚境内的“巴布亚习俗议会”（DAP）也参与，太平洋岛屿国家（PIF）也支持巴布亚脱离印尼而独立。
以目前的情势来看，巴布亚人要争取独立，不太可能成功。他们应该在印尼共和国的架构内、通过和平及议会的手段争取种族平等。击败种族主义的斗争是漫长的，在这个过程中，很不幸的是，不是人人都认可“和平手段”。巴布亚的动乱，还会持续下去。
从印尼的民族主义的角度来看，印尼的民族国家是以荷属东印度作为基础。印尼民族主义者认为，巴布亚是印尼共和国不可分割的一部分，所以在1949年末荷兰承认印尼独立时，印尼也要求把巴布亚（当时称“西新几内亚”）“归还”给印尼。可是，荷兰不愿将这富饶的区域拱手让给雅加达。
示威者要求惩罚侮辱巴布亚人的官员与肇事者，有些甚至要求“民族自决”，脱离印尼共和国。不久，骚乱蔓延到巴布亚各地城镇，包括索隆、法法，以及巴布亚首府扎亚布拉。骚乱至今已经两个星期，但仍然没有完全平息。
其实，这次动乱背后的深层原因是印尼的种族主义。属于“马来族”的印尼人，把美拉尼西亚种的巴布亚人视为次等、尚未开化的民族。在殖民时代，荷兰人也将印尼土著视为没有开化的族群，甚至以“猴子”侮辱印尼土著。如今印尼独立了，许多印尼民众也用同样的字眼侮辱巴布亚的同胞。种族偏见根深蒂固，表现在印尼对巴布亚的政策上。
但是在美国以及其他西方国家的压力下，荷兰最后与印尼苏卡诺政府签订“纽约协议”，答允在印尼的管辖以及联合国的监督下，让巴布亚举行全民投票，以决定巴布亚人是否要成为印尼的一部分。可是后来印尼与联合国认为，全民投票不很实际，改由巴布亚各“议会”投票决定，结果巴布亚变成了印尼的一部分。当时是1969年，反共的苏哈多刚掌权不久。
种族主义与民族自决
这次的巴布亚学生的示威，是由在巴布亚外新成立的巴布亚学生联合会（AMP）成员发动的。在东爪哇示威的巴布亚学生，皆是巴联的成员，而那些纠众闹事的非巴布亚人则包括“退休军警儿女协会”和捍卫回教阵线的成员。
巴布亚的问题曾在联合国全体会议上表决，有些非洲国家试图阻止印尼“占有”巴布亚，可是每次都失败。最后一次投票表决是在1975年，其结果是84国支持印尼，30国弃权，没有国家投反对票。巴布亚归入印尼获得联合国的认可。
瓦希德认为，印尼国族（民族）包括三大种族，即马来人、华人以及美拉尼西亚人。可是瓦希德的“民族论”却未获得广泛的认可。尽管如此，瓦希德对于巴布亚族的同情，让巴布亚人铭刻在心。这次巴布亚动乱，许多巴布亚民众还要求瓦希德的家族前来调解，可惜效果不大。
贫困掀起分离主义
这些组织只能展开游击战，攻击印尼警察，有时也绑架以及攻击外国人与印尼人，进行恐怖活动。去年12月，巴布亚独立组织攻击在恩杜加县参与公路基础建设的印尼工人，导致数十名建筑工人遭枪杀。巴布亚的局势再度升温。
为了控制动乱的局面，政府中断巴布亚的互联网服务。中央政府也派遣1000多名警员到巴布亚，协助当地的警员维持秩序，并表示这些警员在局势平静后就会撤走。
以佐科为首的印尼政府绝对不会让巴布亚进行“民族自决”，雅加达要巴布亚留在印尼国族之中。然而，巴布亚这次的动乱，引起了国内外人士的关注，印尼国内有许多同情的声音。
今年8月19日，即印度尼西亚国庆日后两天，西巴布亚省首府马诺夸里发生动乱。当地的巴布亚人在游行示威时，与警察发生冲突。示威者焚烧汽车和商店，纵火烧毁地方议会大厦，并堵住主要街道，导致整个城市瘫痪。
可是，并不是全部印尼人与巴布亚人是对立的。许多印尼人和巴布亚的有识之士，也成立了公民社会，同情巴布亚人的遭遇，并希望改善他们的生活。
这次骚乱的导火线是印尼东爪哇的巴布亚学生冲突。8月15日，印尼独立纪念日前两天，在东爪哇玛琅市的一群巴布亚大学生，以纪念1962年印尼与荷兰在纽约签订的协定为名，进行示威。该协定将荷属新几内亚（即巴布亚）交给印尼管辖,，并在印尼的管辖下举行全民投票。但是，1969年印尼改用代表方式投票，将巴布亚并入印尼。
起初，巴布亚人的斗争并没有获得外界的广泛支持，但是在21世纪时，随着巴布亚人的教育程度逐渐提高，城市的中下层阶级也开始出现。中学生与大学生的人数开始增多，他们不但在巴布亚本土受教育，还到印尼外省深造。这次的游行示威，都是以这些知识分子为主，同情他们的印尼人也不少。
作者是新加坡尤索夫伊萨东南亚研究院资深访问研究员、南洋理工大学拉惹勒南国际研究院兼任教授
这次的巴布亚骚乱，其原因错综复杂。印尼“种族主义”以及巴布亚人民的贫困是主要的根源。巴布亚人要借这个机会脱离印尼而独立，但是独立的机会很渺茫，反而会遭到印尼民族主义者与军方更强力的镇压。
这时，佐科也说，他已经下令在巴布亚的警务人员，对付“无政府主义者和种族主义者”，将他们捉拿归案。
巴布亚人多数是基督徒和天主教徒，而外来移民则多数是回教徒。不论是政府机关或是资源，多数控制在非巴布亚人的手中。在贫穷指标中，印尼的平均指数是9.47%，而巴布亚的贫穷指数则高达27.53%，是印尼最为贫困的地区。可见，在印尼管制下，巴布亚人的生活并没有改善。这是巴布亚分离主义掀起的另一个主要原因。
19日早上，大规模的反政府示威在西巴布亚首府引发。据报道，游行示威已获得准证，而西巴布亚省长铎名古斯也呼吁巴布亚人不要诉诸武力。但是游行途中有不同的团体加入，造成了骚乱。
骚乱导火线
同日，玛琅市长发表谈话，说有意将巴布亚学生遣送回原地，引起西巴布亚省长铎名古斯的不满。铎名古斯指出，身为负责任的官员说话要慎重，并说道：“我们这里也有很多玛琅人，难道他们也必须遣返玛琅？”他要求玛琅市长向全巴布亚人民道歉，并且保护巴布亚学生的安全。
次日（16日）下午，泗水市卡拉山街的巴布亚大学生宿舍发生冲突。传说地方政府要市民在国庆日升印尼国旗，但是，泗水巴布亚大学生宿舍没有反应。于是官员前往该宿舍，将印尼国旗挂在旗杆上，可是有人将它扔到水沟里，引起印尼民众的不满，一批暴民以及警察包围学生宿舍，并攻击宿舍内的学生，还骂巴布亚学生全是“猴子”“猪狗”“动物”。
